ایجاد نظام مدیریت دانش در سازمان همراه با تغییر ساختار است؛ تغییر در ساختار فکری، ساختار سازمانی، ساختار منابع و ساختار فرآیندی. بنابراین مانند هر تغییر دیگری در سازمان، این تغییرات هم همراه با موانعی است که در ادامه به سه مورد از مهمترین آنها اشاره می شود:
– ترس مدیران
مدیریت دانش باعث انتشار دانش در سطح سازمان می شود. به همین دلیل مدیران سازمان ممکن است دچار این ترس شوند که پیاده سازی نظام مدیریت دانش منجر به کاهش وابستگی کارکنان به آنها شود و در نتیجه جایگاه آنها به عنوان مدیر مقتدر و تصمیم گیرنده، متزلزل شود.
– مقاومت کارکنان
مدیریت دانش موجب تغییراتی در اقدامات و فرآیندهای جاری می شود که این ممکن است برای بسیاری از کارکنان که به وضع گذشته عادت کرده اند، خوشایند نباشد. بسیاری از آنها فرآیند مدیریت دانش را به عنوان تعریف کارهای جدید و اضافه تلقی می کنند که سازمان بر آنها تحمیل کرده است.
– نبود فرهنگ دانش
اجرای فرآیند مدیریت دانش، پیش از ایجاد فرهنگ دانش در سازمان، کاری به شدت مخاطره آمیز است. فرهنگ دانش باعث انگیزه در افراد می شود تا به کشف، اشتراک و به کار بردن دانش اهتمام بورزند. وقتی در سازمانی فرهنگ دانش حاکم نباشد، افراد روحیه کشف دانش ندارند و نسبت به داده ها و اطلاعات رویکردی منفعل دارند. همچنین در چنین سازمانی افرادی که دارای دانش هستند، خصوصا دانش ضمنی، از به اشتراک گذاری آن با سایر نفرات امتناع می ورزند، چرا که آن را سرمایه شخصی خود می دانند نه سرمایه سازمان. و در نهایت در چنین سازمانی، افراد به دانش موجود در سازمان اهمیت چندانی نمی دهند و در مقاطع موردنیاز آنها را به کار نمی گیرند که این خود ضرر بزرگی برای آن سازمان است.